Свобода думки, совісті і релігії в силу своєї природи є дуже своєрідною. Здатність мислити – одна з особливостей людини. Чи можна зупинити людину в цьому? Це частина її внутрішнього світу, який вона може й не відкривати. Навряд чи зараз можна стверджувати про потенційні можливості втручання у процес мислення індивідуума. 

З огляду на таку «внутрішню» якість деякі правники, враховуючи, що загалом це право, як і багато інших, може підлягати обмеженням, кажуть про, до певної міри, його абсолютний характер. «Ніхто не може бути примушений мислити, сповідувати які-небудь переконання чи релігію», – кажуть вони. 

Проте, з розвитком науки і технологій багато що дивного сьогодні, може стати реальністю через деякий час. Маючи суто внутрішній аспект, цій свободі характерні також зовнішні прояви. Вони пов’язані зі сповіданням певної релігії або ідеології, необхідністю відправлення певного культу, у багатьох випадках, відправлення культутразом з іншими тощо. 

Здійснення свободи релігії може піддаватись обмеженням з боку держави. Але, якщо таке обмеження передбачене законом, має на меті захист інших важливих цінностей. У будь-якому разі, обмеження свободи віросповідання може здійснюватись лише, якщо це необхідно в демократичному суспільстві і якщо не має інших способів для захисту таких цінностей, як громадська безпека, публічний порядок, здоров’я, мораль, права і свободи інших осіб.

У Європейській конвенції з прав людини цій свободі присвячена стаття 9:

1. Кожен має право на свободу думки, совісті та релігії; це право включає свободу змінювати свою релігію або переконання, а також свободу сповідувати свою релігію або переконання під час богослужіння, навчання, виконання та дотримання релігійної практики і ритуальних обрядів як одноособово, так і спільно з іншими, як прилюдно, так і приватно.
2. Свобода сповідувати свою релігію або переконання підлягає лише таким обмеженням, що встановлені законом і є необхідними в демократичному суспільстві в інтересах громадської безпеки, для охорони публічного порядку, здоров’я чи моралі або для захисту прав і свобод інших осіб.

Говорячи про особливість цієї норми, правник Мікеле Де Сальвіа зазначає: «Входячи в якості складової частини до поняття “приватне життя”, що захищається статтею 8, аналізована норма гарантує права, пов’язані з тим, що можна назвати “глибиною душі” індивіда, невідчутною областю його свідомості і переконань». У практиці Європейського суду з прав людини стаття 9 часто поєднується зі статтями 10 (Свобода вираження поглядів), 11 (Свобода мирних зборів та асоціацій) та статтею 2 Протоколу № 1 (Право на освіту) Європейської конвенції.

У своїй практиці Європейський суд з прав людини неодноразово звертає увагу на те, що свобода думки, совісті і релігії є однією з основ «демократичного суспільства». Виносячи рішення у багатьох справах, він наголошує, що невід’ємною складовою демократичного суспільства є плюралізм думок, «завойований дорогою ціною протягом століть», – як, наприклад, зазначено у справі «Серіф проти Греції».

Після смерті у 1985 році одного з Муфтієв Фракії Президент Греції призначив нового. Проте два депутати парламенту організували вибори, на яких виграв Серіф. Після опротестування Прокурором виборів і обвинувачення Серіфа у незаконному виконанні функцій Муфтія і в тому, що він прилюдно носив одяг священика, його було засуджено до 8 місяців ув’язнення.

Європейський суд віддав перевагу демократичним цінностям, погоджуючись, що релігійна свобода може бути обмежена заради громадського порядку, проте звертаючи увагу, що Серіф поводився лише як лідер релігійної громади, котра сама визнала його таким.

Важливим аспектом статті 9 Європейської конвенції є те, що здійснення цього права можливе «спільно з іншими». Тому правами передбаченими статтею 9 Конвенції можуть володіти «релігійні громади». У справі «Свято-Михайлівська Парафія проти України» Європейський суд зокрема визначив, що релігійна громада може бути заявником і претендувати на статус жертви порушень.

Які саме і чи всі переконання захищає Європейський суд з прав людини? У своїй практиці Європейський суд з прав людини розглядав справи щодо різних релігійних систем. Серед них усі світові релігії, Cвідомості Крішни, свідки Єгови, Центр Божественного світла, Саєнтологічна церква, Друідизм. Але не тільки релігійні переконання входять до сфери застосування статті 9 Європейської конвенції. У рішенні у справі «Коккінакіс проти Греції» зазначено, що «цей принцип також є цінним положенням для атеїстів, агностиків, скептиків і просто небайдужих до цієї проблеми».

У своїй практиці Європейський суд також захищав такі переконання, як пацифізм, суворе вегетаріанство, атеїзм. В одному зі своїх рішень («Якобскі проти Польщі») він висловив твердження, що ув’язнений вегетаріанець не повинен бути змушений до споживання м’ясних продуктів. Заявник сповідує буддизм і є послідовником Махаяни, що вимагає утримуватись від споживання м’яса. Його неодноразові листи до тюремної адміністрації не дали результатів. Ув’язнений не міг відмовлятися від їжі, тому що адміністрація розглядала це як початок голодування і застосовувала щодо нього дисциплінарні санкції. Не допомогли листи, спрямовані керівництву буддійської місії в Польщі. Ув’язнений поскаржився прокурору щодо надмірного втручання у його релігійні переконання. Клопотання було відхилено. Справа дійшла до Європейського суду з прав людини.

Однак не всі переконання Європейський суд розглядає як предмет захисту свободи думки, совісті і релігії. Так у справі «Прітті проти Сполученого Королівства» суд зазначив, що «…не всі думки чи погляди являють собою переконання, які захищені пунктом 1 статті 9. Вимоги заявниці не становлять будь-якої форми сповідування релігії чи переконання в богослужінні, ученні, виконанні на практиці та дотриманні релігійних норм, як це зазначено в другому реченні першого пункту. Термін “practice” (виконання на практиці) не означає будь-яку дію, до якої спонукала або на яку впливає релігійна віра чи переконання».

Громадянка Сполученого Королівства Діана Прітті була важкохворою і помирала від хвороби, яка вражає м’язи і є невиліковною. Хвороба була у занедбаній стадії, все тіло хворої було паралізоване, очікувана тривалість життя була дуже незначна. Проте інтелект заявниці і спроможність приймати рішення не постраждали. З огляду на те, що на останній стадії ця хвороба завдавала страждань і приниження, заявниця бажала особисто проконтролювати, як і коли вона помре і позбутися цього страждання і приниження.

За тогочасним англійським законодавством, якщо вчинення самогубства не вважалось злочином, то допомога іншої особи в цьому є дією, що підлягає кримінальному покаранню. Пані Прітті бажала дістати таку допомогу від свого чоловіка і гарантії, що він буде звільнений від судового переслідування. На це вона отримала відмову й оскарження цієї відмови були безуспішними.

Європейський суд з прав людини не побачив порушення свободи совісті та віросповідання у цій справі: «Тією мірою, якою погляди заявниці відбивають її прихильність до принципу особистої автономії, ця претензія є перефразованою скаргою, порушеною з посиланням на статтю 8. Суд дійшов висновку, що порушення статті 9 допущено не було».

Свобода думки, совісті і релігії не заперечує можливості державного контролю за релігійними рухами. «Суд визнає, що держави мають право перевіряти, чи не здійснює певний рух або асоціація під виглядом досягнення власних релігійних цілей шкідливу для населення діяльність», зазначено у рішенні у справі «Маноуссакіс та інші проти Греції». Однак не може бути явного домінування однієї релігії. Так у цій справі Суд визнав порушення релігійної свободи, оскільки владою Греції була на рівні законодавства закріплена вимога до всіх релігійних організацій погоджувати свою діяльність з панівною у країні православною церквою.

Українські правозахисники зазначають, що наша держава «вигідно вирізняється з-поміж країн пострадянського простору, забезпечуючи базовий рівень релігійної свободи». Однак «…за відсутності чітких правових гарантій релігійної свободи ситуація залишається хисткою та непередбачуваною й значно залежить від державної політики».